جریان تعیین تکلیف داروهای موجود در سازمان اموال تملیکی با اختلاف نظر بین این سازمان و وزارت بهداشت مواجه است؛ به طوری که سازمان تملیکی به استناد قانون تاکید بر تحویل داروهای متروکه و قاچاق به وزارت بهداشت و تعیین تکلیف از سوی این وزارتخانه دارد ولی وزارت بهداشت به استناد قانونی دیگر معتقد است